Сначала музей располагался в здании гауптвахты при въезде в город. В 1835 году ему было выделено собственное помещение - на горе Митридат по проекту архитектора Торичелли построили копию афинского храма Гефестиона. В 1841 году туда были перевезены все экспонаты.
В годы Крымской войны (1853-1856) музей понес значительный урон. Только в 1922 году учреждение получило в свое распоряжение особняк Петра Месаксуди, где и располагается до нынешнего времени.
Сейчас Музей древностей входит в состав Восточно-Крымского историко-культурного музея-заповедника. А это также Историко-археологический музей, Гончарная мастерская, Лапидарий, Картинная галерея, Царский и Мелек-Чесменский курганы, Золотая кладовая, Музей истории обороны Аджимушкайских каменоломен, Музей истории Эльтигенского десанта, крепости Керчь и Ени-Кале. Еще в составе заповедника - античные городища Пантикапей, Нимфей, Мирмекий, Тиритака, Китей, Акра, Артезиан.
12 августа прошли торжественные мероприятия, посвященные дню рождения музея-заповедника. В картинной галерее открылось несколько выставок - обновленная «История Боспорского Царства», «Страницы минувшего», экспозиция акварелей Ольги Ритунской и выставка памяти Алексея Спольского. В историко-археологическом музее состоялось открытие выставки «Уральская мода».
Директор музея-заповедника Татьяна Викторовна Умрихина рассказала о том, что старинное здание гимназии им. Короленко передали музею и теперь оно станет культурным центром Керчи.
В фондах Картинной галереи хранится множество картин местных художников. К сожалению, выставочные площади невелики и не позволяют размещать все имеющиеся экспонаты. Поэтому они таятся во тьме, лишь изредка выходя на свет и радуя зрителей.
Экспозиция «Страницы минувшего» знакомит с художественными работами, запечатлевшими археологические находки и давно исчезнувшие виды Керчи. Жемчужина выставки - цветная литография И.К. Айвазовского, изображающая вид на город.
Широко представлены литографии художника Ф.И. Гросса, увлекавшегося археологией и занимавшего в 1880-х годах должность директора Музея древностей. Работы Гросса имеют невероятную ценность - проводя раскопки, он делал зарисовки находок. Так, благодаря его рисункам, внешний вид многих утерянных артефактов дошел до наших дней.
Большое значение для науки имеют работы Д.Б. Шибнева, трудившегося в музее в 1920-е годы. Он делал экспозиционные зарисовки, дающие представление о памятниках античного периода.
Многоликая, разнообразная Керчь, от седой древности до современности, предстает на полотнах живописцев, без сомнения влюбленных в этот старинный город.
Архаичными уголками Керчи, ее храмами и домиками, извилистыми, покрытыми брусчаткой улочками и замшелыми крышами вдохновлялись Ж.И. Матрунецкий, И.П. Олишевич, Д.Я. Черкес, А.Г. Андрющенко, И.Я. Гринчук.
А вот Ольга Ритунская, по ее собственному мнению, в ряды живописцев попала случайно и неожиданно. Не зря ее выставка называется «По акварельным обстоятельствам». Ольга - дизайнер по образованию, акварелью начала заниматься не так давно. В основном рисует портреты дочерей и знакомых. Акварель художницы - прозрачная и звонкая, чего не так просто добиться, ведь этот материал - нежный, тонкий и требующий не только таланта, но и мастерства.
Третья экспозиция - особенная. Это юбилейная выставка керченского пейзажиста Алексея Спольского, запланированная еще год назад. К сожалению, художник ушел из жизни в феврале 2021 года. Однако выставка состоялась. На ней в основном представлены недавние работы Алексея. Они - словно окошки в разные уголки Крыма: колышется кермек над скалистыми бухточками Генеральских пляжей, солнце янтарными бликами пляшет на виноградных листьях где-то под Балаклавой, фиолетовые кипарисы Южного берега тянутся к синим тучам.
Впечатления от торжественных мероприятий - самые яркие. За окнами собирается дождь, а в галерее царит согревающая атмосфера.