В рамках своей деятельности ВВК определяет годность кандидатов к службе в уголовно-исполнительной системе и абитуриентов, поступающих в ведомственные образовательные учреждения, а также медицинское освидетельствование действующих сотрудников. Кроме того, для граждан, претендующих на определенные должности, в данном филиале предусмотрено проведение специального психофизиологического исследования с применения полиграфа. По итогам всех этапов комиссией выносится медицинское заключение.
Как отметили в пресс-службе УФСИН России по Республике Крым и г. Севастополю, открытие в Крыму военно-врачебной комиссии играет значимую роль для кадровой политики уголовно-исполнительной системы региона, благодаря чему существенно сократился период приема на службу кандидатов, а также срок реализации социальных гарантий, предоставляемых сотрудникам пенитенциарного ведомства и членам их семей.