В 1962 году лодка обеспечивала опытные ракетные стрельбы ПЛ «С-229». Экипаж лодки - 52 человека. Во время представления личному составу командиром лодки, врач обратился к экипажу с просьбой: «Я на подводных лодках не служил. Ваша лодка для меня - первая. Прошу всех оказать мне посильную помощь в изучении корабля».
Первый пациент
- В 1963 году начались подготовка и выходы на боевые службы в Черном море, а в 1964-м - и в Средиземном, - вспоминает Василий Филиппович. - Большинство врачей подводных лодок тогда имело слабую хирургическую подготовку, их нужно было учить. В 155-й и в 153-й бригадах было 35 врачей. В 1472-м военно-морском госпитале оперативных вмешательств делали не много. По согласованию с флагманским врачом 155-й бригады подводных лодок решили проводить ночные дежурства в 1-й городской больнице Севастополя. Там всегда было огромное количество пациентов с острыми заболеваниями и травмами. Я брал с собой 2-3 врачей с подводных лодок и шел на ночные дежурства в хирургическое отделение...
В 1964 году на базе медчасти береговой базы в Балаклаве Кондаков вместе с майором Шабановым из двух палат сделали операционную, оснастили ее оборудованием. Начали проводить полостные операции. И Кондаков стал первым пациентом новой операционной. Удаление аппендикса ему проводил полковник медицинской службы главный хирург флота Шапунов. С этого момента было где обучать хирургическому мастерству врачей-подводников. 
Семь автономок
За время службы на подводных лодках Василий Филиппович участвовал в семи автономных походах. Самым сложным и познавательным был первый поход. Не было никаких рекомендаций по распределению времени несения вахт, смен, времени отдыха, организации питания, помывки личного состава. Ответы искались в ходе несения боевой службы.
- Для помывки использовали теплую забортную воду от системы охлаждения дизеля с использованием морского мыла, - рассказывает военврач. - Регулярно проводили смену разового нательного и постельного. С десятого дня выдавали спирт и салфетки для протирки кожных покровов. Первые автономные походы на боевые службы позволили со специалистами 470-й медицинской лаборатории подводного плавания разработать предложения по совершенствованию распорядка дня в походе, пищевому рациону, соблюдению гигиенических норм в условиях длительного пребывания подводной лодки на боевой службе, улучшению обитаемости в отсеках, поддержанию здоровья подводников. В 1964 году в одном из походов пришлось оперировать матроса по поводу острого аппендицита. Операция прошла успешно, и на седьмой день пациент уже нес вахту. 
В 1967 году Кондаков последний раз ходил на боевую службу на подводной лодке. Для него это был седьмой поход, наверное самый сложный. Пришлось делать две операции. Первая - удаление аппендикса. Вторая - ушивание прободной язвы.
До этого, в 1965-м, он в составе Первой смешанной эскадры кораблей Черноморского флота в должности внештатного флагманского хирурга на крейсере «Слава» четыре месяца находился в Средиземном море. Это был первый выход в Средиземное море нашей эскадры. Температура воздуха тогда составляла 40-42 градуса, и по настоятельному предложению медиков на корабли доставили тропическую форму для всего личного состава. Медикам хватало забот. Было много операций по поводу острых заболеваний и травм.
Начальник лазарета
В июне 1967 года в Балаклавском Доме офицеров совещание проводил Главком ВМФ адмирал флота СССР Сергей Георгиевич Горшков. Василий Кондаков доложил обстановку с обследованием экипажей подводных лодок, высказался о необходимости базового лазарета. В 1969 году базовый лазарет № 270 был построен и сдан в эксплуатацию, оснащен самым современным медицинским оборудованием. Начальником лазарета назначен майор медицинской службы Кондаков. С этого момента врачи ПЛ смогли активно участвовать в операциях и лечении больных.
Лазарет являлся визитной карточкой медицинской службы ЧФ, да и всей медслужбы ВМФ СССР. В нем побывали Главком ВМФ, начальник главного медицинского управления МО, начальники тыла МО и тыла ВМФ, начальники медицинской службы всех флотов страны. 
В 1972 году Кондакова назначили командиром 503-го Отдельного медицинского отряда специального назначения. Предстояла разработка системы развертывания группы специализированных госпиталей для приема раненых и пораженных из очагов массовых санитарных потерь. Речь шла об очагах ядерного и химического поражения. Медицинским спецназом Кондаков командовал до 1976 года. Была разработана система подготовки специалистов и проведены показательные учения с тысячей медиков и 300 статистами. Современные мобильные госпитали в России создавались на основе тех документов и рекомендаций, которые в 70-е годы разработали специалисты ОМОСН под командованием Кондакова. Задание командования было выполнено, и подполковника медслужбы Кондакова ждала новая должность.
Главный токсиколог
Главному токсикологу ЧФ вменялся в обязанности контроль за хранением отравляющих веществ, ракетного топлива, ядерных боеприпасов, ядовитых технических жидкостей. Хранились они по всему Крыму, Кавказу, Ростовской области, Краснодарскому краю. В этой должности Василий Филиппович прослужил 10 лет до увольнения в запас. 
На гражданке Кондаков активно включился в общественную работу. В городском Совете ветеранов он возглавил медицинскую комиссию. К 2007 году медицина в Севастополе была в упадке, все операции - платные, лекарства покупали сами больные. Совет ветеранов обратился за помощью к руководителям частных клиник. Благодаря отклику этих фирм удавалось ежегодно делать 50 крупных операций и 220 ветеранов лечились по кардиологическому, неврологическому и другим профилям. К началу 2014 года с Советом ветеранов сотрудничали уже 15 частных клиник. И в этом сотрудничестве большая заслуга Василия Кондакова. Он добился значительного увеличения количества коек для ветеранов в больницах города, имплантации хрусталиков, закупки слуховых аппаратов, расширения объема зубопротезирования. Квалифицированную медпомощь получили тысячи ветеранов Севастополя. 
Василий Филиппович кавалер 23 государственных наград и ряда знаков отличия общественных организаций. И сегодня он активно участвует в общественной жизни Севастополя и Крыма. 
